IAIN Kudus didirikan pada tanggal 21 Maret 1997 dengan pembukaan tiga program studi yaitu progam studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Ahwal Syahsiyyah (AS) dan Tafsir Hadits (TH). Pengembangan program studi di IAIN Kudus hingga tahun 2017 mencapai dua puluh delapan program studi. Salah satunya adalah progam studi Bahasa Arab yang kurikulumnya mengacu pada visi IAIN kudus yaitu pengembangan Islam Terapan. Oleh karena itu progam studi PBA ini mempunyai visi, misi dan tujuan yang selaras dengan visi, misi dan tujuan institusi.
Progam studi PBA berdiri sejak 2008 meneguhkan diri sebagai program studi yang menfokuskan dalam penyiapan tenaga ahli dan terampil sebagai guru bahasa Arab,dengan kekhususan sebagai pendidik yang mempunyai berbagai keterampilan khusus sebagaimana tertuang dalam struktur kurikulum prodi PBA.
Kurikulum prodi PBA juga memperhatikan potensi dan kemampuan IAIN kudus dan kearifan lokal , misalnya spesifikasi tenaga pendidik, sosial budaya pantura Jawa Tengah,khususnya Kudus sebagai kota santri.